Durante más de 70 años, el río Clark Fork se utilizó como vertedero para los desechos de una de las mayores explotaciones mineras del planeta. Las empresas que operaban las minas y fundiciones de Butte y Anaconda descargaban relaves con metales directamente en las cabeceras del río Clark Fork. Estos relaves contenían arsénico y metales pesados, como cadmio, cobre, hierro, plomo, manganeso, mercurio y zinc. Estos metales eran arrastrados río abajo, se distribuían por la llanura aluvial y se depositaban en el embalse situado detrás de la presa Milltown (construida en 1908), aguas arriba de Missoula. Los metales pesados del embalse de Milltown se encontraron en pozos de agua potable de localidades cercanas como Milltown, Bonner y West Riverside. También se estaban infiltrando en el acuífero de Missoula, la única fuente de agua potable municipal de la ciudad.
En 1989, comenzó una batalla legal entre la EPA y el propietario de la mina aguas arriba (Atlantic Ridgefield Company) sobre sus impactos, en relación con la financiación para la limpieza. La llanura aluvial de Clark Fork, desde Butte hasta Missoula, se convirtió en el mayor sitio de limpieza Superfund del país. La EPA, Atlantic Ridgefield (AR) y el estado de Montana resolvieron su disputa sobre la limpieza de la cuenca alta durante el período 1998-2005, y comenzó la limpieza. Posteriormente, iniciaron negociaciones con el propietario de la presa Milltown en relación con la presa y los sedimentos que había atrapado.
Las grietas en la plataforma del aliviadero de la presa indicaban desgaste en esta presa centenaria de entramado de madera. La causa probable fue el asentamiento y deterioro de las vigas de casi 100 años de antigüedad utilizadas para construir la presa, socavando y erosionando, lo que resultó en grandes grietas que canalizan el agua a través del entramado y hacia chorros de agua visibles en la base del aliviadero. El socavamiento y la erosión se documentaron en inspecciones de seguridad de presas anteriores. Como resultado, la FERC clasificó la presa Milltown como una presa de alto riesgo. La inspección de seguridad completada por el consultor independiente del Licenciatario calculó factores de seguridad inferiores a los factores de seguridad mínimos recomendados por la FERC para terremotos, inundaciones y atascos de hielo. La mitad norte de la presa no se construyó sobre lecho de roca. En cambio, está construida sobre arenas y gravas del lecho del río, que están sujetas a erosión durante grandes inundaciones.
Para protegerse contra grandes inundaciones, el Concesionario recomendó inicialmente la construcción de una nueva presa de tierra de 30 metros de altura que se extendería desde el sitio actual hasta la autopista interestatal. Esta nueva presa no solo habría sido antiestética, sino que también habría bloqueado el acceso tradicional al embalse para fines recreativos. El Concesionario admitió que la estructura superior de la presa estaría en peligro durante futuras obstrucciones de hielo.
Las partes interesadas locales, incluida American Whitewater, se opusieron vehementemente a esta propuesta. El apoyo local a la remoción de los sedimentos detrás de la presa, y a la propia presa, aumentó. Se desató una batalla regulatoria en la Comisión Federal Reguladora de Energía (FERC) sobre el destino de la presa. American Whitewater participó activamente en las negociaciones sobre el destino de la presa y fue un firme defensor de su remoción. Una vez que se logró la remoción de la presa con la FERC y la limpieza de sedimentos se convirtió en la prioridad, American Whitewater desempeñó un papel más limitado.
Los procedimientos de la FERC, junto con la opinión local y las negociaciones en curso sobre el Superfondo, finalmente concluyeron que la presa y los sedimentos debían eliminarse. Se desarrolló un plan para drenar el embalse, redirigir el río Clark Fork mediante un canal de derivación revestido, retirar los sedimentos, retirar la presa y la central eléctrica, y, finalmente, crear un nuevo cauce restaurado y una llanura aluvial en el antiguo emplazamiento del embalse. Los sedimentos se transportarían río arriba por tren hasta un depósito de cuenca cerrada. Las actividades de eliminación comenzaron tras el Decreto de Consentimiento de marzo de 2006 entre las partes.
El Estado de Montana, la EPA y el Condado de Missoula han desempeñado un papel fundamental en la orientación y el diseño de este enorme proyecto. Los residentes locales han participado en innumerables reuniones públicas y están desarrollando una visión para sus pueblos y el antiguo emplazamiento del embalse. Una organización merece especial mención y reconocimiento por haber defendido este proyecto durante toda su existencia: Coalición de Clark Fork. American Whitewater produjo un vídeo time lapse mostrando el día en que el río fue restaurado a su condición de flujo libre.