Por mais de 70 anos, o rio Clark Fork foi usado como depósito de rejeitos de uma das maiores empresas de mineração do planeta. As empresas que operavam as minas e fundições em Butte e Anaconda despejavam rejeitos contaminados com metais diretamente nas nascentes do rio Clark Fork. Esses rejeitos continham arsênio e metais pesados, como cádmio, cobre, ferro, chumbo, manganês, mercúrio e zinco. Esses metais foram carregados rio abaixo, distribuídos pela planície aluvial e depositados no reservatório atrás da barragem de Milltown (construída em 1908), a montante de Missoula. Os metais pesados presentes no reservatório de Milltown foram encontrados em poços de água potável em cidades próximas, como Milltown, Bonner e West Riverside. Eles também estavam contaminando o aquífero de Missoula, a única fonte de água potável para a cidade.
Uma batalha judicial teve início em 1989 entre a EPA (Agência de Proteção Ambiental dos Estados Unidos) e a proprietária da mina a montante (Atlantic Ridgefield Company) sobre os impactos da atividade, referentes ao financiamento da limpeza. A planície aluvial do rio Clark Fork, de Butte a Missoula, tornou-se a maior área de limpeza do programa Superfund nos Estados Unidos. A EPA, a Atlantic Ridgefield (Arkansas) e o estado de Montana chegaram a um acordo sobre a limpeza da bacia hidrográfica superior entre 1998 e 2005, e a limpeza teve início. Em seguida, começaram as negociações com a proprietária da barragem de Milltown a respeito da barragem e dos sedimentos que ela havia retido.
Rachaduras no revestimento do vertedouro da barragem indicavam desgaste nesta barragem de enrocamento de madeira centenária. A causa provável foi o assentamento e a deterioração das madeiras quase centenárias usadas na construção da barragem, resultando em erosão e erosão que causaram grandes rachaduras que canalizam a água através do enrocamento e para os jatos d'água visíveis na base do vertedouro. A erosão e o desgaste foram documentados em inspeções de segurança anteriores da barragem. Como resultado, a FERC (Comissão Federal Reguladora de Energia) classificou a Barragem de Milltown como uma Barragem de Alto Risco. A inspeção de segurança realizada pela consultoria independente da concessionária calculou fatores de segurança inferiores aos fatores mínimos de segurança recomendados pela FERC para terremotos, inundações e represamento de gelo. A metade norte da barragem não foi construída sobre rocha matriz. Em vez disso, foi construída sobre areias e cascalhos do leito do rio, que estão sujeitos à erosão durante grandes cheias.
Para proteger contra grandes inundações, o Concessionário recomendou inicialmente a construção de uma nova barragem de terra com 30 metros de altura, estendendo-se desde o local da barragem atual até a rodovia interestadual. Essa nova barragem não só seria antiestética, como também bloquearia o acesso público tradicional ao reservatório para fins recreativos. O Concessionário admitiu que a estrutura superior da barragem estaria em risco durante futuros bloqueios de gelo.
Os principais interessados locais, incluindo a American Whitewater, opuseram-se veementemente a essa proposta. O apoio local à remoção do sedimento atrás da barragem, bem como à própria barragem, aumentou. Seguiu-se uma batalha regulatória na Comissão Federal de Regulamentação de Energia (FERC) sobre o destino da barragem. A American Whitewater participou ativamente das discussões sobre o futuro da barragem e foi uma forte defensora de sua remoção. Uma vez que a remoção da barragem foi garantida pela FERC e a limpeza do sedimento se tornou a prioridade, a American Whitewater passou a ter um papel mais limitado.
Os procedimentos da FERC, juntamente com o sentimento local e as negociações em curso sobre o Superfund, levaram à conclusão de que a barragem e os sedimentos deveriam ser removidos. Foi desenvolvido um plano para drenar o reservatório, redirecionar o rio Clark Fork por meio de um canal de desvio revestido, remover os sedimentos, remover a barragem e a usina hidrelétrica e, por fim, criar um novo leito e planície de inundação restaurados para o rio Clark Fork no antigo local do reservatório. Os sedimentos seriam transportados rio acima por trem para um depósito de bacia fechada. As atividades de remoção começaram após o Termo de Ajustamento de Conduta (TAC) de março de 2006 entre as partes.
O Estado de Montana, a EPA (Agência de Proteção Ambiental dos Estados Unidos) e o Condado de Missoula desempenharam papéis fundamentais e positivos na orientação e no planejamento deste projeto de grande porte. Moradores locais participaram de inúmeras reuniões públicas e estão desenvolvendo uma visão para suas cidades e para a antiga área do reservatório. Uma organização merece menção especial – e reconhecimento – por defender este projeto durante toda a sua duração: a [nome da organização]. Coalizão Clark ForkA American Whitewater produziu um vídeo de lapso de tempo Mostrando o dia em que o rio voltou a fluir livremente.